Als mannelijke naam gaat hij terug op Merlijn de tovenaar uit de Arthurromans, in het Engels Merlin. Oorspr. was zijn naam Myrddin Emrys (Welsh), maar deze naam werd gelatiniseerd tot Merlin Ambrosius (Dunkling & Gosling; zie ook Mervyn). Bij ons zijn de meeste namen op -lijn vrouwelijk (vergelijk Katelijn, Erlijn en Carolijn), vandaar dat Merlijn ook als vrouwelijke naam voorkomt. Merlijn is ook een Nederlandse vleivorm van Maria.